国立感染症研究所は６月16日、新型コロナウイルスの感染力が強いとされるインドで確認された「L452R」変異株の影響が小さかったとしても、東京オリンピック・パラリンピック期間中の７月後半から８月前半に緊急事態宣言の再発令が必要となる可能性があるとの試算を公表した。L452R変異株の影響が大きい場合、最速で７月前半の再発令の見通しも示した。
新型コロナの感染対策を厚生労働省に助言する専門家組織「アドバイザリーボード」（座長：脇田隆字・国立感染症研究所長）の会合で報告された。６月20日で東京都の緊急事態宣言が解除されることを前提に、五輪開催に伴う人手の増加やワクチン接種の進み具合、L452R変異株の感染力などを基に複数のパターンを試算した。